Tuy nhiên, do sự nở rộ của du lịch và các hoạt động khai thác lâm thổ sản của người dân, Vườn quốc gia Hoàng Liên đứng trước nguy cơ bị xâm hại, biến thành bãi rác[5] do nhiều du khách tự phát cây mở lối đi, hạ trại, đốt lửa, xả rác, mặc sức chặt cây tỉa cành. Báo cáo của Ủy ban Nhân dân huyện Sa Pa cho biết hiện nay diện tích rừng nguyên sinh trong Vườn Quốc gia Hoàng Liên chỉ còn khoảng 30%, tốc độ suy thoái rừng đang tăng nhanh, trong đó có nguyên nhân can thiệp khá sâu và không có kế hoạch của con người[6]

Từ năm 2003 trở lại đây, Ban quản lý Vườn quốc gia Hoàng Liên đã ký kết với các hộ dân trong vùng tham gia bảo vệ và phát triển vườn. Đến giữa quý 2 năm 2004 đã có trên 300 hộ dân ở 6 xã vùng đệm và các trưởng thôn bản, các trưởng dòng họ ký cam kết tham gia bảo vệ rừng và thú rừng; phát triển du lịch cảnh quan sinh thái nhưng không xâm hại đến rừng, không vứt rác thải, hoá chất gây tác động xấu đến môi trường sinh thái của vườn. Ban quản lý vườn cũng có kế hoạch hỗ trợ rút những hộ dân ra khỏi vùng lõi để tập trung công tác tu bổ, bảo vệ phát triển vốn rừng. Tuy nhiên đến nay mới có 1/6 diện tích vườn được ký cam kết với dân.